De Kaaimaneilanden werden voor het eerst gezien door Columbus, tijdens diens vierde reis naar de Nieuwe Wereld. Hij had alleen de twee oostelijke eilanden gezien. Hij noemde deze eilanden Las Tortugas vanwege de vele zeeschildpadden in de wateren eromheen. Na verloop van tijd kreeg de eilandengroep de naam Los Lagartos, wat vrij vertaald De Alligators betekent, vanwege de spitssnuitkrokodillen die er destijds nog voorkwamen. De eerste Engelsman die een voet op de eilanden zette, was Sir Francis Drake in 1586. Hij gaf de eilanden de huidige naam: Cayman Islands.
De eilanden werden in 1670, evenals het naburige Jamaica, ingelijfd bij het Verenigd Koninkrijk. De Kaaimaneilanden waren eerst een deel van de kolonie Jamaica, toen deze nog onder Brits bestuur was. Na de onafhankelijkheid van Jamaica in 1962 werden de Kaaimaneilanden een Brits overzees territorium. Het eiland Grand Cayman werd zwaar getroffen in september 2004, toen orkaan Ivan 70% van de bebouwing beschadigde. Ivan was de zwaarste orkaan die de eilanden getroffen heeft in 86 jaar.